周瑜作为吴国的核心谋略输出武将，虽然拥有高智力属性和强力的神火计被动，但在实战中依然存在一些明显的短板。他的输出核心在于通过发动主动战法来触发神火计的群体谋略伤害，一旦遇到控制类战法如缴械或计穷，就会中断这种联动，导致整体伤害大幅降低。由于周瑜的速度属性普遍偏低，如果敌方队伍中有先手控制能力，很容易在周瑜行动前就压制住他的节奏，让整个队伍陷入被动。

高防御和高减伤的阵容对周瑜的威胁也很大。这类队伍通常具备稳定的治疗和防御机制，例如曹操主导的太尉盾或带有藤甲兵种的盾兵。周瑜的谋略伤害在面对这类敌人时，效果会大打折扣，因为敌方可以通过属性加成和减伤战法有效抵消火攻的爆发。周瑜的队伍如果缺乏有效的破防手段，很容易在持久战中耗尽资源，无法快速决出胜负。

兵种克制也是周瑜需要警惕的一个方面。游戏中的弓兵阵营天然被盾兵克制，当周瑜的队伍以弓兵为主时，遇到盾兵阵容往往会处于下风。尤其是搭配了藤甲兵和抚辑军民等减伤战法的队伍，即使周瑜有灼烧效果，也可能因伤害被吸收而难以突破。如果敌方还配备了草船借箭等解除负面状态的技能，周瑜的持续输出能力会更受影响。

周瑜自身速度较慢，这让他容易受到先手压制。如果敌方队伍中有速度更快的武将，利用控制或高爆发战法先发制人，周瑜的行动顺序会被打乱，从而错过最佳的输出时机。在属性加点和装备选择上，如果没能弥补这一缺陷，周瑜很容易在战斗初期就被削弱或限制。在搭配阵容时，需要考虑通过兵书或队友来提升整体速度或抗性。

面对拥有持续治疗和恢复能力的队伍，周瑜的爆发优势往往难以充分发挥。一旦战斗拖入中后期，周瑜的队伍可能会因续航不足而逐渐失利，尤其是在面对像刘备或鲁肃这样的辅助武将时，周瑜需要尽快在前几回合建立优势，否则敌方的血量恢复会逐步抵消掉先前的伤害累积。当敌方有满宠等角色时，持久战的风险会更高。